En Ataun hay más de 300 cuevas y cavernas catalogadas. Entre ellas, hay muchas que tienen restos de seres humanos de hace 5.000 años: Usategi, Limurita, Pikandieta, Kobazar, Armontaitz, etc. Una gran selección para los aficionados a la espeleología.
La cueva de Troskaeta es la más conocida de Ataun. Tiene una extensión de 1 kilómetro y termina en un pozo de agua. Hace unos 20.000 años fue morada y lugar de enterramiento del oso conocido como “Ursus spelaeus”. Los dos esqueletos de oso encontrados se encuentran en el Museo Zorroaga de San Sebastián. Está señalizado.
En la cueva de Sarastarri en el hayedo del monte Sarastarri, no muy lejos de la cima, se extiende el embalse de Lareo. El elemento más atractivo es el pozo interior u “osina”, el más bonito de los que podemos encontrar en el sur del País Vasco. La leyenda mitológica de la Señora de Sarastarri se ubica en este punto.
También existen muchos dólmenes. Mención especial merece el que de la mano del Ayuntamiento de Ataun y de la Diputación Foral, la campaña de nueva señalización que se le ocurre a la Asociación de Ciencias Aranzadi para proteger el entorno. En todo Aralar se encuentran muchas estaciones megalíticas. Sobre todo destacan en tierras de Ataun, las que se encuentran entre Ubegin, Arantzamendi y Lizarrusti/Aitsu: Berrenoa, Igartza, Intsusburu, Balenkaleku, Larreluze, Argonitz, Muñaan, Urrezuloko Armurea, Atxurbi,...
